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library(data.table)
library(optparse)

#############################################################################

option_list <- list(
  make_option(c("--input_file"), type = "character"),
  make_option(c("--id"), type = "character"),
  make_option(c("--output_file"), type = "character")
 )

parseobj <- OptionParser(option_list=option_list, usage = "usage: Rscript %prog [options]")
opt <- parse_args(parseobj)
print(opt)

if(1!=1){
	id <- "WGC079294"
	input_file <- "/public/user/xxf/20210520_LCSomatic/facets/WGC079294_WGC079312_purity.rds"
	output_file <- "/public/user/xxf/20210520_LCSomatic/facets_purity/WGC079294_purity.tsv"
}

id <- opt$id
input_file <- opt$input_file
output_file <- opt$output_file

#############################################################################

dat <- readRDS(input_file)

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purity <- dat$purity
ploidy <- dat$ploidy

res <- data.frame(Sample = id , Purity = purity , Ploidy = ploidy)

write.table( res , output_file , sep='\t' , quote=F , row.names=F )